Питер Паркер вместе с одноклассниками отправляется на летние каникулы в Европу. Однако отдохнуть приятелям вряд ли удастся — по прибытии в Венецию группа попадет в эпицентр сражения. Некое существо, состоящее из воды, появляется из ниоткуда и начинает крушить всё на своём пути, и теперь Питеру придётся спасать европейские архитектурные памятники вместе с загадочным супергероем Мистерио.

Долгое время черепашки-ниндзя скрывались от людей в лабиринтах городской канализации. На протяжении нескольких лет учитель Сплинтер обучал их боевым искусствам и прививал им чувство справедливости. В один прекрасный момент им пришлось подняться наверх, чтобы спасти Нью-Йорк от Шредера, предводителя Клана Футов, захватившего власть в Нью-Йорке. Вместе с отважным репортером Эйприл и ее оператором Верном, бесстрашные воины смогли одержать победу и очистить любимый город от преступности. Леонардо, Микеланджело, Рафаэль и Донателло нашли свое предназначение в этом мире и стали защитниками своего города. Они навели порядок в Нью-Йорке и с чистой совестью могли отправиться на покой, но однажды им вновь пришлось столкнуться с могущественным врагом, угрожающим их городу…